提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
重庆新开建一大型公立综合医院 将服务西南地区******
中新网重庆1月11日电 (记者 刘贤)华中科技大学同济医学院附属协和医院重庆医院国家区域医疗中心建设项目暨两江新区社会民生项目集中开工活动10日在当地举行,19个社会民生项目总投资约106亿元。
其中,华中科技大学同济医学院附属协和医院重庆医院,由重庆市人民政府与华中科技大学同济医学院附属协和医院共同建设。
图为签约现场。 陈超 摄该医院总投资45亿元,占地面积210亩,总建筑规模38万平方米。一期项目建成后将提供1500张床位,全面引进华中科技大学同济医学院附属协和医院优势学科及管理团队,立足重庆、服务西南,打造“公益性、创新性、引领性”的大型三级甲等公立综合医院,创建国家区域医疗中心样板工程。
此次集中开工建设的还有备受民众关注的学校、养老机构、健身中心、公园等项目。如两江全民健身中心项目是拥有游泳池、羽毛球场、网球场、乒乓球场等体育设施及相关商业配套的大型专业运动场馆,总建筑面积约4万平方米,毗邻重庆理工大学龙兴校区。
两江新区市民中心则规划了档案馆、图书馆、文化馆老年大学、科研基地及职工综合服务中心等功能。
多功城遗址公园占地约28亩,将保留现有台阶古树,对城墙、城门、古驿道进行修复、归安、加固、展示,全方位展示多功城城址结构和布局。
泰康之家·渝园二期是持续照护模式康养项目,可提供114个康复医院床位及231个护理床位,计划于2024年8月完工。泰康之家·渝园共分四期开发建设,总计可提供1600余户养老单元。
还有9个教育类项目同期开工,包括两江新村实验学校、十方界中学(川外附中两江中学)、金海学校、两江森林阳光小学、鹿山小学、健康城小学、金渝学校二期、重庆巴蜀常春藤学校二期宿舍、博雅小学湖霞校区等。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |